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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全dna显性dna组低的进一步重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是采用较低的进一步(~1×)的重测序资料实现显性dna突变临床诊断,完后采用dna显性dna型添加,将低容重资料添加为高容重dna显性dna型资料。LcWGS 不必模式定制开发,测序利润低,还可以拿全dna显性dna组显性dna突变,更有帮助于大企业规模样品的物理性质手机定位及 GS 繁育使用。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可提升全DNA组的遗传的基因变异
  • 高性价比
    以很低的测序的成本费用较低,获取高孔隙率的符号,查测质量高
  • 大群体
    样本检测
    适宜于大团队的人类基因型检测工具及设计
  • 分型
    准确性高
    应用于注射svm算法,基因分型为准率能达98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS遗传性状准确定位及GS结果显示非常
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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